【移動污染源管理股】
移動污染源防制、噪音污染源管制、非游離輻射管制等法規、規章之訂定及釋示；污染物排放之檢查或鑑定；統計資料之製作與陳報及業務宣導。
【固定污染源管理股】
固定污染源設置、變更及操作許可管理；營建工程與空氣污染防制費徵收查核；公私場所、營建工程及露天燃燒等污染物排放之檢查或鑑定；紙錢集中燒減量計畫推動；統計資料之製作與陳報及業務宣導。
【空氣品質管理股】
臺南市空氣污染防制基金收支保管及應用、空氣污染防制及空品測站操作與維護、空品淨化區設置與考核、室內空氣品質等管理及業務宣導。