【環境稽查股】
公害糾紛處理、公害陳情案件及一般稽查、取締告發、稽查員勤務管理督導。受理民眾陳情案件。針對陳情案件及重大案件進行第一線稽查並對違反環保法規之案件開立告發、協助其他局處會勘稽查、公害糾紛緊急紓處及調處業務。
【檢驗裁決股】
主要分為環境檢驗業務，與裁決業務。
環境檢驗業務說明如下：
- 水質（事業廢水、河川水及沿海濕地之海水）檢驗項目：pH值、導電度、化學需氧量、氯鹽、生化需氧量、懸浮固體、氨氮、真色色度、六價鉻、重金屬（銅、鋅、鎳、總鉻、鉛、鎘、鐵、錳、溶解性鐵、鋁）、大腸桿菌群、總菌落數、總磷、油脂、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮。
- 飲用水（自來水、原水及非包裝飲用水）檢驗項目：pH值、導電度、大腸桿菌群、總菌落數、濁度、總硬度、色度、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、氨氮、重金屬（銅、鋅、鎳、總鉻、鉛、鎘、鐵、錳、溶解性鐵、鋁）、化學需氧量、氯鹽。
- 事業廢棄物檢驗項目：pH值、TCLP溶出液-重金屬（總鉛、總銅、總鎘、總鉻、總鋇、總硒）。
- 異味污染物官能測定。
裁決業務說明如下：
- 開立裁處書：開立違反環保法規案件之裁處書（除移動污染源及機動車輛噪音以外）
- 管理及催收罰鍰：管理罰鍰（辦理分期付款、建立應收清冊、繳款銷帳等）、辦理逾期未繳款案件之催繳作業、移送強制執行、移送法務部行政執行署強制執行等相關業務（拍賣公告、會同查封、指界、債權憑證管理、再移送、註銷等）