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【水質保護股】
河川及海洋污染防治計畫之規劃及執行、法規之訂定、審核、釋示及執行、防治費之使用規劃、管理及執行、防治之研究發展、監測、檢驗及人員訓練及管理。


【毒物及環藥管理股】
毒性化學物質及環境用藥管理、毒性化學物質災害防救。飲用水管理之實施方案與計畫規劃及執行、飲用水管理法規之訂定、釋示及執行事項。