有關外界關切曾文溪河口水色變異一事，臺南市環保局說明城西掩埋場滲出水並無對外流通，惟為釐清真相、化解疑慮，近期將邀集學術單位等第三方公正客觀單位共同採樣調查水色形成原因，以昭公信，全力維護周邊生態與環境品質。
該處潮汐溝水體呈現深褐色，主因為周邊防風林落葉及植物殘體自然分解產生單寧酸等天然有機物，加上潮汐擾動導致底泥懸浮、死亡藻類腐敗分解，引發局部缺氧與還原反應，才導致水色混濁。為化解地方疑慮，環保局已於 6 月 24、29 日兩度邀集養殖漁業發展協會等相關單位現勘，並迅速完成城西掩埋場門口與青草崙堤防交叉口的潮汐溝緊急封閉與阻斷作業，同時增設管阻設施，確實隔離水體並防範潮汐回流影響。
環保局強調，城西焚化廠設計採「廢水零排放」製程，所有廢水均於廠內循環再利用；城西掩埋場的滲出水也皆經過嚴格的三級 RO 逆滲透系統處理，確認符合國家放流水標準後始依法放流。市府每月均定期檢測放流水質，並嚴格落實地下水、地表水及周邊環境監測，所有監測數據皆主動公開於環保局官方網站，資訊透明化。
環保局強調，對於維護周邊生態與生活環境，絕不容許任何污染與妥協。針對近來水色變異，呼籲外界切勿再以訛傳訛，市府持續嚴格監測、全力把關，請市民朋友放心。