【組織架構】
綜理局務並指揮監督所屬員工。
副局長室
承局長之命襄理局務、總審核文稿，新聞發佈發言事項，負責全市環境管理、空氣噪音防制、水質土壤防治、廢棄物管理、環境檢驗、垃圾處理及環境清潔等公共環境衛生業務之改善措施。
秘書室
襄理局務、綜核文稿、工作計畫及工作報告綜核編擬研議事項、重要或新辦業務計畫推行事項、資料之搜集整理分析應用擬議、公共關係維持連繫事項、各單位聯繫協調事項、機要案件之處理。
行政科
文書、印信、研考、採購、財產管理、事務管理、法制事項、清潔隊員進用、獎懲、勞保、健保、清潔隊員退職、撫卹及各種垃圾車、水肥車掃街車等作業車輛實施定期保養與一級維修等事項。
會計室
預算、決算編審、追加減預算編審、收支憑證審核。
人事室
辦理職員任用、考核、獎懲、退休、資遣、撫卹、健保、公保、各項福利。
政風室
綜理本局政治風氣調查、公務機密維護及人員設施維護等事項。
環境管理科
調查評估、教育宣導、環境用藥管理、毒性物質管制及公害糾紛處理
空氣噪音防制科
空氣污染防治、噪音與振動之管制及其有關事項
水質土壤防治科
水污染、熱污染與土壤污染之防治、水質管理、飲用水衛生管理事項。
廢棄物管理科
一般事業廢棄物管理、有害事業廢棄物之管理、公民營廢棄物清除處理機構之管理、資源回收、廚餘回收推動及管理及管理、蟲鼠防治及有關環境衛生管理事項。
環境稽查檢驗科
飲用水、水污染、廢棄物、空氣污染及其他環境品質檢驗事項。
清潔隊
本市ㄧ般廢棄物清除、水肥清運、溝渠疏濬、環境消毒及道路清掃等環境衛生事項。
第一區隊
負責東區垃圾收運作業
第二區隊
負責中西區、安平區垃圾收運作業
第三區隊
負責南區垃圾收運作業
第四區隊
負責北區垃圾收運作業
第五區隊
負責安南區垃圾收運作業
資源回收隊
負責全市資源回收收運分類作業
垃圾處理科
垃圾處理場、垃圾焚化場、污水處理廠、水肥處理場等事項之規劃及營運管理。
